I BIZANTINI
Nel I secolo, secondo la tradizione più accreditata, giunse ad Agira il taumaturgo siriaco Filippo, rappresentante della chiesa di Gesù Cristo, inviato dal Pontefice, con il compito di evangelizzare la popolazione. Grazie all'opera del santo, molte delle strutture greche furono riutilizzate dai cristiani già dalla fine del I secolo: alcune parti del Castello ospitarono la chiesa di S. Pietro Apostolo e Martire in Vincoli; il tempio di Gerione fu utilizzato per edificarvi la chiesa, con annesso il monastero, in onore allo stesso S. Filippo.
In seguito alla divisione dell'impero romano, dal 535 la Sicilia fu annessa all'impero romano d'oriente di Giustiniano e divenne nel VII secolo uno dei ventinove Distretti Autonomi dell'impero stesso. Dal 663 al 668 la capitale fu Siracusa. Ad Agira, per impulso dei monaci greci, che si erano insediati nell'antico monastero a partire dal secolo VIII, la cultura greco-bizantina resisterà sino al 1060, nonostante gli Arabi avessero cominciato ad occupare la Sicilia.
Il Monastero di San Filippo d'Agira era uno dei più importanti dell'isola, polo di attrazione del mondo cattolico. L'antica denominazione della città fu fatta precedere dal nome "San Filippo" ed Agira si chiamò San Filippo d'Argirò fino al 1862.