SVEVI E ARAGONESI
Sotto Federico II ad Agira fu costruita la Torre centrale di forma ottagonale del Castello, facente parte, insieme al Castello Ursino di Catania, al Castello Maniace di Siracusa, la Torre di Federico di Enna e numerosissime altre costruzioni, del piano di fortificazione della Sicilia voluto dal re svevo.In seguito la Sicilia fu occupata da Carlo I d'Angiò. Questi, che trasferì la capitale del Regno da Palermo a Napoli, poco si occupò degli interessi dell'isola; al contrario, espropriò numerose proprietà e impose pesanti tassazioni. Il popolo siciliano, fortemente provato e vessato, insorse contro gli angioini con la rivolta passata alla storia come Vespri Siciliani; rivolta che portò alla sconfitta dei francesi. Anche Agira aveva partecipato ai moti insurrezionali, inviandovi un proprio rappresentante, Rodolfo da Agira.
Nel 1320, sotto Federico II d'Aragona, Agira fu concessa in feudo a Ferrario de Abellis. In questa fase la città subì gli assedi delle truppe dei Conti di Modica, i Chiaramonte, che lottavano per ottenere l'indipendenza dell'isola. De Abellis, non essendo in grado di difendere Agira, si accordò per lasciare la città e consegnarla ai Chiaramontani, che la governarono dal 1346 al 1352. Nel 1408 Agira divenne una delle 44 città demaniali della Sicilia e poté inviare i suoi rappresentanti al Real Parlamento.
Durante il dominio aragonese furono costruiti i due monasteri femminili di S. Maria della Raccomandata e della SS. Annunziata.